10月12日，科技部中国科学技术信息研究所 “2014年中国科技论文统计结果发布会”在北京召开。《南方医科大学学报》再次荣获中国科技期刊最高荣誉奖---“百种中国杰出学术期刊”，这是本刊继2012年以来第4次获得此奖项。《南方医科大学学报》影响因子已上升至1.654，总被引频次5613。综合评价得分列全国医药大学学报类期刊第1，广东省所有学科学术期刊第1，中国各学科6734种中英文期刊第10。

《南方医科大学学报》国内学术影响力处于领先地位，国际学术影响力不断提升。2014年，《南方医科大学学报》在SCI数据库中的被引频次接近1500，其国际学术影响力已超过了很多被SCI收录的英文期刊。

2013年底学报编辑部接管《分子影像学杂志》，迅速恢复正常出版，现已正式进入统计源期刊，影响因子为0.182。