用于HIV诊断的Oligo基因芯片研制

南方医科大学学报 ›› 2005, Vol. 25 ›› Issue (03): 293-297.

用于HIV诊断的Oligo基因芯片研制

温颖¹, 马文丽¹, 李凌¹, 吴清华¹, 徐秋林¹, 张海燕¹, 郑文岭²

1. 南方医科大学基因工程研究所, 广东, 广州, 510515;
2. 广州军区总医院分子肿瘤学研究所, 广东, 广州, 510010

出版日期:2005-03-20 发布日期:2005-03-20
基金资助:
收稿日期:2004-8-5。
基金项目:国家自然科学基金(39880044); 广州市221重大科技项目(39880038)
作者简介:温颖(1979- ),女,南方医科大学在读硕士研究生,E-mail:wenwen97@fimmu.com,电话:020-61640114-89097

Oligonucleotide microarray for human immunodeficiency virus detection

WEN Ying¹, MA Wen-li¹, LI Ling¹, WU Qing-hua¹, XU Qiu-lin¹, ZHANG Hai-yan¹, ZHENG Wen-ling²

1. 南方医科大学基因工程研究所, 广东, 广州, 510515;
2. 广州军区总医院分子肿瘤学研究所, 广东, 广州, 510010

Online:2005-03-20 Published:2005-03-20

摘要/Abstract

摘要： 目的研制快速筛查诊断HIV病毒的Oligo芯片。方法以HIV-1B亚型U26942全基因组序列为靶序列,利用DNA Club、Oligo 6.0、BLAST、Alignment等生物信息学软件,设计高度特异、长度均一、具近似熔解温度(T_m)的Oligo 探针,并制备成Oligo芯片。B(U26942)、C(U46016)、F(AF075703)、G(AF061640)四种亚型质粒分别经RD-梯度PCR与随机特异性引物PCR,经荧光标记后与芯片杂交,扫描芯片后进行统计学分析。结果与结论获得22条60mer 探针,Oligo芯片特异性、敏感性及稳定性好,为进一步应用提供了条件。

Abstract: Objective To develop an oligonucleotide microarray for fast detection of human immunodeficiency virus (HIV).Methods With complete genome sequence of HIV-1 subtype B (U26942) as the target sequence and bioinformatics software such as DNAClub, Oligo6.0, BLAST, Alignment, oligonucleotide probes of high specificity with identical length and similar melting temperature (T_m) were designed and synthesized. Oligonucleotide microarray was prepared using Cartesian Microarrayer. Using the plasmids of HIV-1 subtype B(U26942), C(U46016), F(AF075703), G(AF061640) and restriction display technique, Cy3-labeled HIV DNA fragments were amplified and the hybridization results were scanned and analyzed with Array-Pro.Results and Conclusion Twenty-two optimized oligonucleotide microarray probes were obtained and used to prepare the oligonucleotide microarray for further screening studies. The microarray prepared significantly enhanced the sensitivity, reliability and speed of DNA assay, and possesses the potential for application in clinical setting.

中图分类号:

温颖¹, 马文丽¹, 李凌¹, 吴清华¹, 徐秋林¹, 张海燕¹, 郑文岭². 用于HIV诊断的Oligo基因芯片研制[J]. 南方医科大学学报, 2005, 25(03): 293-297.

WEN Ying¹, MA Wen-li¹, LI Ling¹, WU Qing-hua¹, XU Qiu-lin¹, ZHANG Hai-yan¹, ZHENG Wen-ling². Oligonucleotide microarray for human immunodeficiency virus detection[J]. Journal of Southern Medical University, 2005, 25(03): 293-297.

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