一种新的基因芯片检测荧光标记技术:通用引物U2联合标记法

南方医科大学学报 ›› 2005, Vol. 25 ›› Issue (03): 289-292.

一种新的基因芯片检测荧光标记技术:通用引物U₂联合标记法

徐秋林¹, 马文丽¹, 李凌¹, 石嵘¹, 郑文岭²

1. 南方医科大学分子生物研究所, 广东, 广州, 510515;
2. 广州军区总医院分子肿瘤研究所, 广东, 广州, 510010

出版日期:2005-03-20 发布日期:2005-03-20
基金资助:
收稿日期:2004-11-1。
基金项目:国家自然科学基金(39880036);广州市重大科技攻关项目(990448022)
作者简介:徐秋林,男(1978- ),现为南方医科大学在读硕士研究生.
通讯作者:马文丽

A new fluorescent labeling technique in microarray studies: universal primer U₂ labeling

XU Qiu-lin¹, MA Wen-li¹, SHI Rong¹, ZHENG Wen-ling¹

1. 南方医科大学分子生物研究所, 广东, 广州, 510515;
2. 广州军区总医院分子肿瘤研究所, 广东, 广州, 510010

Online:2005-03-20 Published:2005-03-20

摘要/Abstract

摘要： 目的报告一种新的基因芯片荧光标记技术:通用引物U2联合标记技术(universal primer U2 labeling ,UPL);比较UPL与随机引物等其他标记方法的效率和可重复性。方法流感病毒RNA用四种标记方法处理后与流感病毒寡核苷酸检测芯片杂交,用Spss10.0对杂交结果进行分析。结果 UPL方法在标记物杂交的荧光强度、信噪比、探针真阳性率和可重复性等方面均高于随机引物逆转录掺入标记法,而与其他两种RD标记方法相当,但标记过程相对更加简单。结论 UPL方法可用于基因芯片研究和应用。

Abstract: Objective To develop a new method for fluorescent labeling technique, universal primer U2 labeling (UPL), for microarray studies.Method Influenza virus RNA was labeled with four labeling methods, namely UPL, random primer, restriction display incorporation labeling method and reverse transcription coupled random primer spiking labeling method (RT-PSL), respectively, and hybridized to influenza virus oligonucleotide microarray. The signals extracted from the microarrays were analyzed with SPSS 10.0 software to compare the efficiency and reproducibility of the labeling methods.Results The fluorescence intensity, signal-to-noise ratio (SNR), true positive ratio (TPR) of the probes and reproducibility of labeling with UPL were comparable with those RD-labeling method, and higher than those of RT-PSL method. UPL reduced the complexity of the procedures in comparison with the other labeling methods.Conclusion UPL labeling method can be used in research and development of the microarray technique.

中图分类号:

徐秋林¹, 马文丽¹, 李凌¹, 石嵘¹, 郑文岭². 一种新的基因芯片检测荧光标记技术:通用引物U₂联合标记法[J]. 南方医科大学学报, 2005, 25(03): 289-292.

XU Qiu-lin¹, MA Wen-li¹, SHI Rong¹, ZHENG Wen-ling¹. A new fluorescent labeling technique in microarray studies: universal primer U₂ labeling[J]. Journal of Southern Medical University, 2005, 25(03): 289-292.

参考文献

[1] 李凌,马文丽.DNA芯片技术:新一代基因诊断技术[J].第一军医大学学报(J First Mil Med Univ/Di Yi Jun Yi Da Xue Xue Bao),2001,21(4):309-11.
[2] Kawaguchi K,Kaneko S,Honda M,et al. Detection of hepatitis B virus DNA in sera from patients with chronic hepatitis B virus infection by DNA microarray method [J]. J Clin Microbiol,2003,41(4):1701-4.
[3] Wang D,Coscoy L,Zylberberg M,et al. Microarray-based detection and genotyping of viral pathogens [J]. Proc Natl Acad Sci USA.2002,99(24):15687-92.
[4] Anthony RM,Brown TJ,French GL. Rapid diagnosis ofbacteremia by universal amplification of 23S ribosomal DNA followed by hybridization to an oligonucleotide array[J]. J Clin Microbiol,2000,38(2):781-8.
[5] 黄海,马文丽,董兴齐,等.基因芯片用于鼠疫快速诊断的初步研究[J].第一军医大学学报,2004,24(1):47-9.Huang H,Ma WL,Dong XQ,et al. DNA microarray for the detection of Yersinia pesits [J]. J First Mil Med Univ/Di Yi Jun Yi Da Xue Xue Bao,2004,24(1):47-9.
[6] 张冬雷,王惠民,施健,等.DNA芯片检测乙型肝炎病毒基因多态性[J].中华微生物学和免疫学杂志,2004,24(1):57-60.Zhang DL,Wang HM,Shi J,et al. Detection of polymorphism of hepatitis B virus gene by DNA microarray [J].Chin J Microbiol Immunol,2004,24(1):57-60.
[7] 单万水,单金岚,詹能勇,等.DNA芯片快速检测耐利福平结核分枝杆菌rpoB基因突变[J].中华检验医学杂志,2003,26(11):680-2.Shan WS,Shan JL,Zhan NY,et al. Rapid detection of mutation in the rpoB gene of rifampin resistant mycobacterium tuberculosis by DNA chip[J]. Chin J Lab Med,2003,26(11):680-2.
[8] Li J,Chen S,Evans DH. Typing and subtyping influenza virus using DNA microarrays and multiplex reverse transcriptase PCR [J]. J Clin Microbiol,2001,39(2):696-704.
[9] Li L,Ma WL,Zhu J,et al. A modified restriction display PCR method in sample-labelling of DNA microarray [J]. J Virol Methods,2003,4(1):71-5.
[10] 毛向明,马文丽,姜立,等.应用RD-PCR方法制备K562细胞表达谱芯片基因探针[J].第一军医大学学报,2002,22(6):548-53.Mao XM,Ma WL,Jiang L,et al. Application of restriction display PCR in preparing the probes of the gene chip for investigating gene expression profile ofK562 cells[J]. J First Mil Med Univ/Di Yi Jun Yi Da Xue Xue Bao,2002,22(6):548-53.
[11] 石嵘,马文丽,吴清华,等.用于SARS冠状病毒检测的60mer寡核苷酸基因芯片的设计及应用[J].科学通报(Chin Sci Bull),2003,48(12):1237-41.
[12] Spellman PT,Sherlock G,Zhang MQ,et al. Comprehensive identification of cell cycle-regulated genes of the yeast Saccharomyces cerevisiae by microarray hybridization [J]. Mol Biol Cell,1998,9(12):3273-97.

[1]	张雷；陈建平；张莉；王涛；刘明杰；田玉； . mompS-linker-flaA融合基因原核表达载体的构建及诱导表达[J]. 南方医科大学学报, 2006, 26(12): 1701-1705.
[2]	王全师；王欣璐；李华；王巧愚；王全颖；杨广笑； . 靶向人端粒酶逆转录酶进行RNAi的逆转录病毒载体的构建[J]. 南方医科大学学报, 2006, 26(12): 1715-1719.
[3]	李德良；马文丽；师永霞；李凌；张宝；郑文岭； . HIV-1B亚型包膜糖蛋白gp120基因真核表达载体的构建及其在HepG2细胞中的表达[J]. 南方医科大学学报, 2006, 26(12): 1724-1727.
[4]	袁瑷芹；何援利；杨芳；刘木彪； . 携带人分泌型内皮抑素基因重组腺病毒的制备和鉴定[J]. 南方医科大学学报, 2006, 26(12): 1769-1771.
[5]	蒋鸿超；孙强明；赵丹；孙茂盛；吕琳；李鸿钧； . 靶向survivin的siRNA表达载体的构建和表达及对HeLa细胞的影响[J]. 南方医科大学学报, 2006, 26(12): 1806-1811.
[6]	邵紫韫；刘志锋；彭毅；徐佳；邓鹏；姜勇；. IP-10重组腺病毒载体的构建及其病毒制备[J]. 南方医科大学学报, 2006, 26(11): 1552-1555.
[7]	马树东；罗荣城；丁振华；袁长青；丁雪梅；. Her2/neu膜外及跨膜区蛋白基因重组腺病毒的构建和鉴定[J]. 南方医科大学学报, 2006, 26(11): 1641-.
[8]	李海玉；郭爱华；刘志锋；刘瑜；刘靖华；邓鹏；李志杰；刘亚伟；姜勇；. 细胞穿透肽核靶向运输蛋白表达载体的构建及其蛋白转导功能的研究[J]. 南方医科大学学报, 2006, 26(10): 1394-.
[9]	杨佩；王坤正；时志斌；党晓谦；余鹏博；王春生；宫福良；. 血管内皮生长因子在原核细胞中的高效表达、纯化与活性研究(英文)[J]. 南方医科大学学报, 2006, 26(09): 1263-1268.
[10]	邢锐；杨晓强；陈学清；张振书；. 重组人TFF2乳酸链球菌表达载体pTRTFF2的构建[J]. 南方医科大学学报, 2006, 26(09): 1280-1283.
[11]	任淑婷；于琳华；徐长福；高广道；. 诱导性鼠Smad7真核表达载体的构建与鉴定[J]. 南方医科大学学报, 2006, 26(09): 1313-1315.
[12]	董晓；王家宁；黄永章；郭凌郧；. PEP-1-EGFP融合蛋白的表达和纯化及其转导入人脐静脉内皮细胞[J]. 南方医科大学学报, 2006, 26(08): 1114-1117.
[13]	刘明杰；陈建平；王涛；廖涛；陈宪；芦殿香；田玉；. PCR介导嗜肺军团菌疫苗候选基因lvgA和Hsp60的融合及其在大肠杆菌中表达的初步研究[J]. 南方医科大学学报, 2006, 26(07): 904-909.
[14]	李岩；鲍朗；张会东；李娅莎；朱海龙；. 表达结核杆菌ESAT-6基因重组耻垢分枝杆菌的构建及其功能研究[J]. 南方医科大学学报, 2006, 26(07): 923-926.
[15]	邹红云；马骊；姚新生；温茜；罗微；王小宁；. Jurkat细胞TCR基因重排对BV CDR3的影响[J]. 南方医科大学学报, 2006, 26(07): 939-943.

一种新的基因芯片检测荧光标记技术:通用引物U₂联合标记法

A new fluorescent labeling technique in microarray studies: universal primer U₂ labeling

PDF

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价