南方医科大学学报 ›› 2022, Vol. 42 ›› Issue (6): 815-823.doi: 10.12122/j.issn.1673-4254.2022.06.04
杨雪佳,李玉杰,吴登强,马义丽,周素芳
YANG Xuejia, LI Yujie, WU Dengqiang, MA Yili, ZHOU Sufang
摘要: 目的 筛选与肝细胞癌(HCC)预后、进展和临床诊断相关标记物。方法 分析来自癌症基因组图谱数据库(TCGA)和基因表达综合(GEO)的TCGA-LIHC、GSE84432、GSE14323和GSE63898数据集。利用GEO2R和edge R包获得各疾病类型之间共同差异基因(DEG),并对DEG进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。将DEG在TCGA-LIHC中正常和癌组织进行差异表达验证分析,挑选在HCC中上调基因。利用R语言进行生存分析、受试者工作特征(ROC)曲线分析、基因与患者临床特征关系分析。再通过RT-qPCR验证15对临床HCC和癌旁组织中基因的差异表达。结果 数据库挖掘共获得118个共同DEG,挑选出2个基因:ATP酶Na+/K+转运亚基Beta 3(ATP1B3)和肌动蛋白调节器(ENAH),其表达随疾病进展升高。结合TCGA-LIHC数据集生存分析发现两者高表达与HCC患者不良预后显著相关(P<0.05)。ROC曲线分析ATP1B3和ENAH的AUC值分别是0.821和0.933。ATP1B3高表达与晚期病理T分期、Stage和Grade相关(P<0.05),而ENAH高表达仅与晚期病理Grade有关(P<0.05)。RT-qPCR结果发现,ATP1B3和ENAH在临床HCC组织中表达上调(P<0.05)。结论 ATPIB3和ENAH有望成为肝脏疾病恶化和肝细胞癌的不良预后标志物。